正確に言えば学術会議は予算の振り分けをするんじゃなくて、公募された研究計画を審査して国が取り組むべき重点課題を「マスタープラン」として策定し、それに基づいて文部科学省がロードマップと概算要求を作って財務省と折衝するんだけど
あくまで学術会議が気にいるか気に入らないかで予算の振り分けが決まっていると信じているんだったら、特にかける言葉はないね。大学側は審査委員の政治志向なんかより、国の長期的な学術政策と照らして自分たちの計画の意義が認められるかどうかを考えて公募書類作ってると思うよ
一応、大規模研究計画がどんなもので、誰がどういうプロセスで審査しているかは資料見れば分かるから貼っておくよ
http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-24-t286-1.pdf