自民党は、行政改革の観点で動き出した。下村博文政調会長は７日の記者会見で、党政調の内閣第２部会に、
学術会議の在り方を検討するプロジェクトチーム（ＰＴ）を新設する方針を示した。
下村氏は「今のあり方が良いかどうか、幅広に議論したい」と述べ、学術会議の形態の妥当性などを論点とする意向も示した。
学術会議は、政府の４兆円の研究予算配分に一定の影響力を持つ。そして、１９５０年と６７年、２０１７年に「軍事目的の科学研究を行わない」という趣旨の声明を出した。
１７年といえば、北朝鮮が弾道ミサイルを相次いで発射していた年である。学術会議こそ、国民の生命と財産を守るための「学問の自由」を侵害しているのではないか。
識者からも、学術会議に批判が噴出しており、「民営化」や「廃止」論が浮上している。
福井県立大学の島田洋一教授（米国政治、国際政治）は「任命見送りが注目されているが、問題の本質は、学術会議に（年間１０億円もの）税金を注ぎ込んでいる点だ。
学術会議は勝手に『軍事研究』と解釈した研究をやめさせるなど圧力をかけている。政府機関なのに『学問の自由』を妨害している。
自民党が抜本改革を掲げても、『民営化』や『政府全額出資の財団』などという同じような形で生き残りかねない。はっきりと『廃止』を掲げてほしい」と語っている。
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