2018年3月13日からNintendo Switchのシステムバージョン 5.0.0が配信開始となりました。
普段、任天堂純正のNintendo Switch用ドックではなく、サードパーティー製のドックを使っていた
ユーザーがこのアップデートを実行したところ、ゲームのセーブデータが消えNintendo Switchが
使えなくなったと報告しています。

問題を報告しているのはSpawn Waveさんで、使用していたサードパーティー製ドックというのは、
Nyko製の「Portable Docking Kit for Nintendo Switch」。システムバージョン 5.0.0が配信される
数か月前からNyko製のドックを使用し続けていたそうで、アップデート前までは何の問題もなく
使えていたそうです。

https://gigazine.net/news/20180328-nintendo-switch-third-party-docks/