第51話「ジオン殲滅 パートⅠ」
ソーラ・レイを巡る攻防で、シャア、重傷を負う。
そして、ジオンの首都へ戻り、ギレンと会う。
お互いを挑発するような会話が交わされる。
シャア、ソーラ・レイのアイデアをギレンに提言した功績により、中将に昇進。
ホワイトベース以下、数隻の艦隊がジオンの中心に向かう。
ギレンも、グワジンに乗り迎え撃つ。
防衛網を突破し、ホワイトベースのみ、グワジンに接触。
舞台はア・バオア・クーへ。
ただし、このア・バオア・クーは、「軍事工廠のあるコロニー」という設定。

第52話「ジオン殲滅 パートⅡ」
ア・バオア・クーへ、ギレンは逃げ込んだ。
シャアもア・バオア・クーへ。
ホワイトベース大破。
クルーは白兵戦へ移行。
ガンダムも、最終防衛網【ギガン】を倒して大破。
アムロは、傷つきつつも走る。
いつの間にか、その隣にはシャアがいたが、
「君との決着は後だ」
言い残して、シャアは走り去る。
ギレン親衛隊、シャアを、セイラを、ミライを撃つ。
アムロだけがギレンの元へ。
ギレン、「もう遅い、このア・バオア・クーは自爆する。」
アムロはギレンを撃つが、彼もまた、ギレン親衛隊の銃弾に倒れる。
しかし、ララァの呼びかけによって、アムロは立ち上がり、
破壊されたガンダムにたどり着くと同時に、各クルーに呼びかける。
そして、全員脱出。