首相が『任命拒否』って表現は
首相は『推薦された全員を任命しなければならない』
という前提が無いと成り立たない

だが『推薦された全員を任命しなければならない』というルールも法律も
どこにも存在していない

学術会議が推薦し
それを内閣府で選考し
首相がその選考結果を承認し
首相が任命した

任命されなかった6人は
何らかの基準に達していなかったから選考により外された

繰り返しになるが
『推薦された全員を任命しなければならない』という決まりは
どこにも存在しない