三権分立がどうこう言うなら、
最高裁判所長官も内閣が任命してる

はっきり言えば、「長官」いうのは全部内閣が任命してる

まあ、一部の人には「安倍内閣」なんだろうが、
「内閣」はシステム上は「国民の代表」なんだよ

それ以外に「長官」を任命できる組織はない
恣意的に人事を運用してるなら「選挙で変えるしかない」