甘んじての意味は、ズバリ、「納得がいかないけど、仕方がなく受け入れる」という意味です。
要するに、「ミスをして申し訳ございません。納得がいかないけど、仕方がなく処分を受け入れます」
という始末書を提出しているようなものなのです。
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