ところが、せっかく合意した東案（その2）について、鉄道建設業界OBや鉄道・運輸機構内から
「本当にJR北海道のもくろみ通り作れるか」という声が上がっているという。本当に作れるという
条件が整わなければ、国が工事変更を認可しない。国としてみれば、いったん認可した案を覆されたわけだ。
合意しました、はいそうですか、とはならない。これはメンツの問題ではなく、手続きの仕組みの問題である。

3月29日の5者会議資料の確認事項では、乗り換え跨線橋などの費用、施工はJRが実施すると明記された。
これはJR側の在来線改良工事となるため、新幹線駅建設の関連資料から省かれている。
しかし、この乗り換え跨線橋は構造的に無理があると指摘されている（関連リンク）。

認可見直し案で鉄道・運輸機構は在来線改良計画を示し、在来線の運行、増発に影響なしと示している。
これに対してJR北海道は、東案（その2）の在来線乗り換え跨線橋の設計図面を示していない。
動く歩道、エスカレーター、エレベーターの設置について、3月12日の5者会議後の会見で、JR北海道は巧みに避けていた。