省庁の扱う内部文書も全部公文書なのだから、
それに改変を加えたら公文書偽造に問えばいいだろ

上司に指示された場合もその旨を報告すれば即日その上司を逮捕
更に上から指示が出ていたら上に上に上がって全員逮捕

公文書偽装を罪ではないとするならともかく、
現時点では1年以上10年以下の懲役となってるから何も問題ない