ちょっと片手間で調べてみたんだが・・・・・・。

http://www.nihondaikyo.or.jp/html_user/gaiyou/pdf/27jigyogaikyo.pdf

この資料に赤木さんの名前出てるけど、2015.5.12の会議時点での部署は、
『財務省近畿財務局理財部金融監督第3課』

・・・・ってなってるぞ・・・(´・ω・`)?

一方、朝日新聞によると、今回問題になっている文書は、

https://www.asahi.com/articles/ASL385T4VL38UTIL03N.html
> 同省は学園と、15年5月に土地の賃貸、16年6月に売買の契約を結んだ。

 となってる。
 国有財産に関する担当部局は「管財部」で、「理財部金融監督第3課」とは思えない
から、少なくとも森友関係の公文書作成(決裁)に関しては、赤木氏が直接関係している
ようには(時系列的に)全く見えないんだけどな。

(参考) 近畿財務局組織図 http://kinki.mof.go.jp/content/000069764.pdf