一つの可能性として、誰かが「結果的に」朝日にガセネタを掴ませた可能性もある
もちろん朝日を陥れてやろうっていう魂胆の元に、勘違いしたのは朝日ですってやり方で

要するに「資料見せるよ」といってドサっと資料を渡す、質問やコピーは許さない、そんでその資料ってのが無造作に置かれてて、
たまたま本物の決裁済文書の中に、関係者の修正が入る前の推敲状態の下書き文書が紛れ込んでいる
もちろん文書の1枚目にある管理番号や決裁印は本物だから、一見すると文書全体が本物に見えるが、実は真っ赤な偽物(というか一部が決定稿ではない)
そして朝日が勝手に勘違いした結果「文書が書き換えられた」と報道することになると。