HAL9000は、思考能力が人並みだった上にクルーには秘密の目的が指示されてたから、クルーの皆殺しに走ってるだけだしな。
あれは単なる幹部クラスの指示に忠実だっただけで結局は人の指示でしか動かない自由意思の無い単なる機械。
幹部クラスの指示を疑問に思うなんて事すら無いんだからな。