内閣総理大臣には任命権、罷免権以外には単独での決定権は無い。
内閣法上、閣議決定をした事項のみ行政指揮権が付与される。

安倍や官邸が石破４条件と言う閣議決定を無視して
加計学園の新設に関して文部科学省に圧力を掛けていたとするなら
明らかな内閣法違反であり違法行為である事は間違いないから
安倍が辞任しなければ許されない問題である。