日テレと小学館の間でどういう話がされていたのか？
というのはこの事件のポイントの一つだと思う

・原作改変(禁止)に関する原作者の条件がどこまで小学館を通じて日テレ側に伝わっていたのか？

・原作改変(したい)に関するドラマ制作陣の意向がどこまで日テレを通じて小学館側に伝わっていたのか？

どこかで誰かが相手側に伝えるべきことを伝えずにもみ消したり
あるいは両者で口裏を合わせてそれぞれの現場に対して都合のいいウソを言って誤魔化していた可能性はないか？