ブルース・ウィリスは、ウイルスによって全人類の99%が死滅し、
生き残った人類も暗闇の地下に住むことを余儀なくされている2035年の未来からやってきた。
犯罪者として服役中の彼が特赦を条件に与えられた任務は、
ウイルスを散布したとされる「12モンキーズ」と名乗る団体を探り、
ワクチンを作るために必要となる純粋なウイルスのありかを突き止め、それを入手することだった。