広岡さん、まさに正論だね。

公立と私立と別々に都道府県代表を選んで
公立だけの大会と私立だけの大会をやるというのもアリだと思う。
そうなると４９校Ｘ２＝９８校となるので越境は少なくなる。
ただ校数が多すぎるのが難である。

あるいは都道府県で２つに分けている地区を一つに統合
公立代表と私立代表の２校を出場させるというのもいい。
埼玉・千葉・神奈川・愛知・大阪・兵庫・福岡が該当するだろう。合計１２校。

北海道と東京は２つの地区のままで公立私立１校づつ、合計４校。
北海道は地区代表決定戦で勝たないと地方予選に参加できないし
東京は学校が多い。合計８校。

他の府県は現状のまま。合計３８校、全体で６０校。これなら対応可能だろう。

越境は禁止。
たとえば関西出身の選手が東北の高校に行けないようにする。指導者も同様。
ただし「選手になる学生に奨学金を支給しない」「選手の中学校の学業成績校内１０番以内」
「受け入れ学校が補助金を受けとらない」「不祥事を起こしていない」など
厳しい条件をクリアした学校ならば、隣接する都道府県や地区への越境は
人数を限定して認める（１チーム３名以内が望ましい）。