調べたら
2)税額控除方式

「その年に支出した認定NPO法人等への寄附金の合計額−2,000円」の40%相当額を、その年の所得税額から控除することができます。
対象となる寄附金は、その年の総所得金額の40%が限度となります。

ってことで 黒田さんの場合は自分の財布から減るのは
約600万円

1000万の寄付って言う事実は事実だけどね