前者の方がいい
10本スキルレベル1→3だとスキルレベル20上がるってのもあるけど、単純にスキル素材が前者の方が楽だから平均的にあげた方がいい

ただ後々抜けるような武器は上げてもスキルレベル5とかまでにしておいた方がいいかも