武器の攻撃力の計算でメイン武器だけ特別だったりするのでしょうか？
それともメイン、サブは関係ないでしょうか？

メイン・サブ関係なく「通常×方陣×EX」という認識なのですが、例えばイベEX武器の必要本数の記事で
「基本１本、メインで使う予定があるならそれ用でもう１本」とか見ます。
メインで使う時は、サブに置いてた１本と元々のメイン武器（四天とか）を入れ替えるだけで
「メイン用にもう１本」は必要ない気がするのですが・・・