12月に提出したのは29年度分の年末調整の書類だったんじゃない？ 30年度分の申告書と2枚書いた？
30年度分を出した人は30年1月〜12月の間は甲欄、出してない人(自分で確定申告する人)が乙欄になる。出せるのはバイトかけもちの場合メインとする1社だけ。
ちゃんと30年度分を出したなら労務担当者が間違えてるから言ったらすぐ返ってくるはず。