労基署調査はどのような流れで行われるのか？

労働基準監督官は、事業場のありのままの現状を的確に把握するため、原則として予告することなく
事業場に立入調査を行います。しかし実際には、事前に電話やFAXで連絡が来て、調査の日時を指定されることも多いようです。

労働基準監督官は、事業場への立入調査を行い、帳簿の確認や関係者への事情聴取等を行います。
そこで労働基準関係法令の違反が認められた場合などは、是正勧告や改善指導がなされます。また、
労働災害発生の急迫した危険があるときなどは、その場で作業停止・使用停止等が命令されることもあります。
https://www.somu-lier.jp/goodstory/labor-standards-supervision/